Baudžiamos bylos yra nagrinėjamos pirmosios instancijos teismuose (apylinkių ir apygardų teismuose). Jūs galite pateikti apeliacinį skundą dėl pirmosios instancijos teismo sprendimų aukštesnės instancijos teismams (apylinkių teismų sprendimai gali būti apeliuojami apygardos teisme, apygardos teismo sprendimai gali būti apeliuojami Lietuvos Apeliaciniam Teismui). Jeigu manote, kad apeliaciniame procese teismas taip pat priėmė neteisingą sprendimą, galite kreiptis dėl teismo sprendimo peržiūrėjimo kasacine tvarka į Lietuvos Aukščiausiąjį Teismą.
Pirmosios instancijos teismuose bylos yra nagrinėjamos vieno teisėjo, tačiau daugelyje bylų gali būti sudaryta ir trijų teisėjų kolegija. Kai yra sudaroma teisėjų kolegija, vienas iš teisėjų yra paskiriamas kolegijos pirmininku. Apeliacine instancija visas bylas nagrinėja trijų teisėjų kolegijos.
Teisėjas (arba teisėjų kolegija) yra atsakingas už bylos nagrinėjimą, privalo užtikrinti, kad byloje būtų laikomasi tvarkos ir visų proceso taisyklių, kad visi įrodymai byloje būtų ištirti ir proceso dalyviai galėtų su jais susipažinti. Antra, jis ar ji turi nuspręsti, ar kaltinamasis turi būti nuteistas ar išteisintas, ir, jei kaltinamasis pripažįstamas kaltu, kokia bausmė turi būti paskirta. Jei byloje yra pareiškiamas civilinis ieškinys, teisėjas taip pat turi nuspręsti dėl civiliniame ieškinyje pateiktų reikalavimų. Teisėjas privalo paskelbti priimtą teismo nuosprendį viešai ir išaiškinti jo turinį visiems baudžiamosios bylos dalyviams, ypatingą dėmesį kreipiant į tai, ar nuosprendį suprato nuteistasis ir nukentėjusysis.
Teisėjai taip pat gali dalyvauti byloje ir dar prieš prasidedant bylos nagrinėjimui teisme. Įstatymuose yra nurodyta, kad ikiteisminiam tyrimui vadovauja prokurorai, tačiau kai kurias priemones, kurios gali riboti pagrindines žmogaus teises, turi patvirtinti ikiteisminio tyrimo teisėjas. Ikiteisminio tyrimo teisėjai taip pat gali atlikti kai kurias kitas funkcijas, kai tai yra būtina, pavyzdžiui gali atlikti nukentėjusiojo arba liudytojo apklausą kai to prašo prokuroras (dažniausiai ikiteisminio tyrimo teisėjai apklausas atlieka tais atvejais, kai nukentėjusysis arba liudytojas yra nepilnamečiai arba prokuroras turi abejonių, kad nukentėjusysis ar liudytojas gali teisme pateikti kitokius parodymus).
Ikiteisminio tyrimo teisėjai taip pat nagrinėja skundus dėl prokurorų sprendimų ikiteisminiame tyrime (tačiau turėkite omenyje, kad ikiteisminiam tyrimui vadovaujančio prokuroro sprendimai pirmiausiai turi būti apeliuojami vyresniajam prokurorui, o tik dėl pastarojo sprendimų galima kreiptis į ikiteisminio tyrimo teisėją).